厦门大学航空系的专业有飞行器设计工程、航空宇航科学与技术、航空工程、航空航天工程。厦门大学航空教育始于1944年4月，是全国最早办有航空专业的几所高校之一。

1951年，厦大航空系并入清华大学航空系。

1952年又与其他学校的航空系合并成为北京航空学院（今北京航空航天大学）。

1994年应厦门市政府要求，厦门大学恢复航空教育，以满足地方经济建设的需要。

2008年4月6日厦门大学航空系复办揭牌。