当都江堰校区正处在蓬勃发展的时候，却遭遇到百年不遇的特大地震，地处都江堰市区的都江堰校区，距地震震中汶川映秀镇直线距离只有19公里，在本次地震灾害中受灾及其严重，校内建筑大部分成为危房，造成了约2.15亿元的直接经济损失；但“幸运”的是校内建筑无一垮塌，校内无一人死亡。
灾难突然降临，5000余名师生在奋力自救的同时，无私接纳有序组织涌入校园的3万余名受灾群众，为政府分忧，为社会出力。这是一份高校对于社会责任理解的最佳答卷，全校师生以团结赢得希望，以大爱诠释责任，受到了中央和省委领导同志的高度赞扬。《中国教育报》和省内的部分新闻媒体都进行了相关的报道。
尽管经历大灾难，但在十七大精神的指导下，将伟大的抗震救灾精神和川农大精神结合起来，川农大人有信心，川农大师生有信心！让我们大家携手把川农大建设得更加美好！
2009年11月17日下午，都江堰校区教职工大会在第三阶梯教室举行。学校校长郑有良教授、副厅级调研员何临春教授出席本次大会。校区领导及教职工200余人参加了大会。大会由都江堰校区党委书记刘川主持。会上，何临春首先代表学校宣读了关于都江堰分校更名为都江堰校区以及撤销职业技术师范学院、文理学院和新组建旅游学院、商学院的决定；并同时宣布了都江堰校区和旅游学院、商学院、城乡建设学院领导班子任免的决定。同时他就校区学院调整方案的实施作了具体的要求：一是旅游学院、商学院、城乡建设学院的学科专业方向分别为生态旅游与资源方向、商务与信息管理方向、建筑与城市规划方向；二是根据新的学科专业方向，将现有专业确定归属学院作为调整原则，与新的学科专业方向一致的专业确定为学院骨干专业并重点发展，教师按学院学科专业进行调整；实验室跟随专业划入相应学院，并组建与新的学科专业方向一致的实验室；三是明确了各项工作的时间安排，要求确保正常的教学和生活秩序。
