仰恩大学校友会组织机构的最高权力机构为会员代表大会，主要职责包括制定、修改本会章程，推举产生本会理事，讨论和决定本会的重大问题。会员代表大会原则上每届召开一次，特殊情况可提前或推迟召开。

理事会是本会最高权力机构的执行机构，其基本职责是向会员代表大会报告工作，提出方案，讨论和决定大会的工作方针、计划和重大问题，商定下届理事改选事宜，在会员代表大会闭会期间，执行会员代表大会决议，组织各项活动，对外代表本会。理事会一般每届任期三年，可以连任，理事会原则每年召开一次，根据需要常务理事会要召开临时会议。

理事会产生常务理事15-20人，组成常务理事会，会长由理事会推举，副会长若干人，秘书长由常务理事会推举，副秘书长若干人。本会日常办事机构是校友总会办公室，在秘书长领导下开展工作，职责包括具体经办各项事务和完成日常工作，保持与国内外校友会的联系，协助接待国内外校友会的参观、访问、讲学等事宜。国内外各地校友可视情况设立校友会组织，总会同各地校友组织在工作上加强联系，相互协商，必要时可予指导帮助。

本会聘请名誉会长、名誉顾问若干人。通过这样的组织结构和运作机制，仰恩大学校友会能够有效地凝聚校友力量，促进校友之间的交流与合作，推动学校与社会的互动与发展。