上海海事大学和上海海关学院在二本和专科中各有特色，但如今上海海关学院已经升格为本科院校。虽然如此，上海海事大学作为二本中的佼佼者，依然保持着较高的声誉。海事大学提供了多种就业方向，其中国际航运管理、交通运输、物流管理和海商法等专业表现尤为出色，这些专业的毕业生往往具备较强的就业竞争力。

相比之下，上海海关学院虽然曾经是专科中的顶尖学校，如今升格为本科后，其原有的优势也有所减弱。该学院的毕业生主要集中在两个方向：一部分人能进入海关系统，成为公务员；另一部分则能成为报关员。然而，除此之外，该学院其他专业的就业前景并不突出。

综合来看，上海海事大学在就业机会和专业设置上更为全面和优质，因此选择海事大学对于大多数学生来说可能是更为理想的选择。