在北京中医药大学的招生中，一本与二本的区别主要体现在多个方面。首先是录取批次的不同，一本院校通常在本一批次录取，其录取分数线往往高于所在省份的本科一批分数线，显示出较高的学术要求。

其次是专业设置上的差异。尽管部分院校同时设有本一批次和本二批次的专业招生，但实际上，这些院校内部的专业设置有所区别，二本专业通常集中在非临床医学等相对基础的医学领域。

在学制方面，一本院校的临床医学专业特别引人注目，它们推出了“5+3”一体化培养计划，意味着学生将接受长达八年的本硕博连读教育，这一计划几乎只在一本院校中实施。而二本院校的学生在完成五年的本科课程后，通常需要通过考研继续深造。

此外，待遇方面也存在差异。一本院校的学生通常享受更优厚的教育资源和更广泛的就业机会，包括奖学金、科研项目和实习机会。而二本院校的学生虽然也能获得一定的支持，但在资源分配上相对较少。

总体来看，一本与二本在录取批次、专业设置、学制及待遇上都有显著的区别，这些差异反映了不同层次院校在教育资源、学术环境及就业前景上的差异。