通过查询相关资料显示，南京师范大学横向科研项目可以为对方开具增值税专用发票。根据国家营业税改征增值税相关规定及主管税务机关要求，南京师范大学按规定在收取横向科研经费后，必须开具增值税发票。南京师范大学可以开具的增值税发票有2种，分别是《增值税普通发票》和《增值税专用发票》。所以南京师范大学横向科研项目可以为对方开具增值税专用发票。