制药工程专业属于工学类。此专业培养具有制药工程方面的知识，能在医药、农药、精细化工和生物化工等部门从事医药产品的合成与工艺研究、医药产品开发、应用研究和经营管理等方面的高素质研究应用型专门人才。制药工程是一个化学、药学(中药学)和工程学交叉的工科类专业，目标是培养药品制造，新工艺、新设备、新品种的开发、放大和设计人才。

1998年，该专业名称正式出现在教育部的本科专业目录中。从学科沿革来看，制药工程并不是全新的专业，而是相近专业的延续，是中国科学技术发展到一定时期的产物。

制药工程专业的核心课程包括有机化学、生物化学、物理化学、化工原理、制药工程、药物合成反应、药物化学、药理学、药剂学、天然药物化学、应用光谱解析、制药工艺学、药用高分子材料、制药分离工程、药物分析、制药装备与车间设计、药事管理学、药品营销等。部分中药制药学科还包括药用植物学，中药学，方剂学，中药化学，中药药剂学，中药制剂分析，中药药理学。部分农药制药工程学科要学习植物学，农药学。