商丘学院与商丘师范学院在办学性质、历史底蕴与专业设置上展现明显的差异。

商丘学院作为一所私立院校，更加侧重经济效益与投资方的利益，专业设置更多是为了便于招生。与此相对，商丘师范学院作为公立高校，虽然主要面向师范教育，但也需考量商丘市的发展需求，专业设置与当地产业紧密相连。

在建校历史方面，商丘学院起始于2002年，前身是河南农业大学华豫学院，至2011年转制为商丘学院。而商丘师范学院的历史则可追溯至1905年的归德府中学堂，前身是北宋四大书院之一的应天书院，1981年经国务院批准设立商丘师范专科学校，直至2000年升格为商丘师范学院。

两校在院系设置上也有所不同。商丘学院包括传媒与艺术学院、外国语学院、人文学院等16个教学单位。而商丘师范学院则设有化学化工学院、文化传媒学院、经济与管理学院等10个教学单位。

综上所述，商丘学院与商丘师范学院在办学体制、历史背景与院系结构等方面均存在显著差异。