截至2015年12月，南通科技职业学院拥有多个教学单位，包括生物工程系、园林园艺系、环境与资源系、机电工程系、经济贸易与管理系、人文科学系、信息工程系以及继续教育学院和天樱国际教育学院。这些机构共同构成了学校丰富的专业设置。

学校提供高职专科层次的专业教育，共计开设了52个专业。这些专业涵盖了生物、园艺、环境、机电、经济、管理、人文、信息工程等多个领域，为学生提供了广泛的学术选择。

生物工程系专注于生物技术、生物制药等领域的研究与教学，旨在培养具有创新能力和专业知识的工程技术人才。园林园艺系则注重园林设计、景观规划和园艺技术等方面的知识传授，旨在培养园林设计和园艺管理的专业人才。

环境与资源系致力于环境科学、资源管理等相关领域的教育与研究，培养学生在环境保护与资源可持续利用方面的专业技能。机电工程系则以培养具备机电一体化、机械设计与制造等知识的工程技术人才为目标。

经济贸易与管理系涵盖了经济学、管理学等领域的课程，旨在培养具备经济分析、企业管理等能力的专业人才。人文科学系则注重人文社科类学科的教学与研究，包括历史学、哲学、社会学等，旨在培养学生的综合素质和人文素养。

信息工程系专注于计算机科学、信息技术等领域，旨在培养具备信息技术应用与开发能力的专业人才。继续教育学院和天樱国际教育学院则分别提供成人教育和国际教育服务，旨在满足不同群体的学习需求。

通过这些专业的设置，南通科技职业学院致力于培养具有扎实理论基础和实践能力的高素质应用型人才，为社会发展和经济建设提供有力的人才支持。