《中国古籍善本书目》一书问世后，伴随着不断地被查阅使用，它也不断地在被确认和检验，人们在信服着它的权威性的同时，又发现了它自身存在的不足，并试图用各种方式去完善它、补充它，这便先有了天津图书馆编、2003年齐鲁书社出版的《稿本中国古籍中国古籍善本书目书名索引》，随后又有了故宫博物院图书馆翁连溪编校、2005年线装书局出版的《中国古籍善本总目》。前者是根据《中国古籍善本书目》的《征求意见稿》的油印本编制出索引，将《征求意见稿》影印后作为附录；后者则是经过校核后，将《征求意见稿》予以“翻印”（见傅璇琮先生为《中国古籍善本总目》撰写的序言）。

作为图书馆古籍编目整理队伍中的一员，对于《中国古籍中国古籍善本书目》是心存敬仰的，借助于工作和研究的机遇，又借助于《稿本中国古籍中国古籍善本书目书名索引》、《中国古籍善本总目》等书的便利，在此将一些发现或心得公之于世，其中有的观点和看法纯属“一家之言”，并未经有关专家或团体认定，故而肯定有不足和错误在里面，实望得到有识之士的指点和批评。

分析《中国古籍善本书目》存在上述失误的原因，这当中既有编纂出版过程中的过错，也有藏书单位自身在著录工作中的错误，还有人们对于书籍的认识上的欠缺等等。

在长期的工作实践中，越来越认识到：古籍的编目是一项极为不易的工作，对书籍分类的认识，对书籍版本的鉴定，对书籍完整或残缺的认定，对书籍卷数的认定等等，都需要不断的发现和认识。有时候，一个长期困绕的难题或许会因为一个偶然的机遇而得以解决，而这个机遇是可遇不可求的。比如，近些年来，随着许多珍稀古籍的影印出版，就为一些单位对所藏古籍版本的重新鉴定和判断提供了参照依据，前面所述河南省馆的“御制诗三集”一书即是一例。

明代郑樵在其《通志·校雠略》中曾对古人编目中的缺陷和问题进行了归纳、总结，有“编次失书论”、“见名不见书论”、“阙书备于后世论”、“亡书出于后世论”、“亡书出于民间论”、“编书不明分类论”等等，这些缺陷和问题也反映出编目中的种种困难和编目之不易。清人孙从添在《藏书纪要》一书中有言：“藏书四库，编目最难，非明于典籍者不能为之。”或可从《中国古籍善本书目》对于河南省图书馆藏书著录的几处错误中窥见一斑。