专项计划博士与普通博士在培养费用上存在显著差异。定向博士生的学习期间培养费用按规定标准由国家向培养单位提供，而非定向博士则需自行承担全部培养费用。值得注意的是，非定向博士生的一部分培养费用同样可以由中央或地方财政拨款支持。

在档案接收方面，定向博士生的档案、人事、户口和工资关系依旧保持在原工作单位，因此他们毕业后不会获得派遣证或报到证。而非定向博士生在入学时需要将档案、人事、户口和工资关系转至报考的院校，若未能按时完成档案转移，院校将取消其入学资格。非定向博士生毕业后将获得派遣证和报到证。

毕业去向方面，定向博士生在入学前通过合同形式明确毕业后需到定向单位工作，且均实行合同制。而非定向博士生在毕业后可以根据个人规划进行择业，采取双向选择的方式就业。他们可以留在原单位工作，也可以选择更换其他工作。

因此，专项计划博士与普通博士在培养费用、档案接收以及毕业去向等方面存在较大差异，考生在报考时需根据自身情况综合考虑。