福建师范大学旗山区的教育学院、文学学院、外国语言文学学院、法学院、商学院、数学科学学院、物理科学与技术学院、化学与环境科学学院、地理科学学院、生命科学学院、体育科学学院和美术学院，为学生提供了广泛的学术选择。此外，学校还设有附属中学、附属幼儿园、特殊教育学院和继续教育学院，形成了较为完整的教育体系。

目前，该校共有超过90个本科和硕士研究生专业，涵盖了教育、文学、语言、法律、商业、科学、技术、环境、地理、生命科学、体育及艺术等多个领域。

在这些专业中，教育、英语、文化产业管理、地理信息科学、体育教育等专业较为知名和受欢迎。其中，教育学专业因其深厚的历史积淀和优质的教育资源，一直备受学生和家长的青睐。英语专业则因为其广泛的就业前景和优秀的师资力量，成为很多学生的首选。

文化产业管理专业则强调文化与管理的结合，旨在培养具备文化创新与管理能力的高素质人才。地理信息科学专业则注重培养具备现代地理信息技术和应用能力的专业人才，具有较强的社会需求。体育教育专业则致力于培养具备全面体育素养和教育能力的专业人才。