兰州大学信息科学与工程学院的组织架构包含了多个部门和研究机构，旨在提供全面的教育与研究环境。学院首先设有四个主要的系别：

电子与信息科学系

计算机科学系

通信工程系

计算机科学与技术的其他相关系

教学工作由专门的部门支持，如计算机公共课教学部，保证了基础课程的高质量教学。此外，学院还拥有多个实验中心，如：

基础电子学实验中心

以及多个研究所，涵盖了现代通信技术、计算机应用技术、软件研究、信息与通信工程、电路与系统、信号与信息处理以及生物医学信息等多个领域，为前沿研究提供了深厚的学术土壤。

在科研平台上，学院与国家紧密合作，设有如教育部开源软件与实时系统工程研究中心，国家LINUX技术培训与推广中心，以及在西部地区科技创新中发挥重要作用的985项目——科学计算与信息技术科技创新平台。

学院还与国家保密局合作，运营信息系统安全保密测评中心甘肃省分中心，确保信息安全的关键技术研究。另外，作为甘肃省信息技术人才培养的重要基地，学院设有甘肃省计算机基础实验教学示范中心，致力于培养高质量的技术人才，同时，计算机科学与技术学科更是被列为甘肃省的重点学科。