福建省的高等教育体系包括多个层次的院校。首先，福建省的本科一批院校有厦门大学（985、211工程院校）、福州大学（211工程院校）、福建师范大学以及华侨大学。这些院校的录取分数线通常都高于本科一批的标准。

本科二批院校包括福建农林大学、福建医科大学、福建中医药大学。除此之外，还有一些本科二批院校如集美大学、漳州师范学院、福建工程学院、泉州师范学院、莆田学院、闽江学院、仰恩大学、厦门理工学院、福建警察学院、三明学院、龙岩学院、武夷学院、宁德师范学院、闽南理工学院、福建江夏学院、福建教育学院和福州教育学院。

此外，还有两所独立学院，分别是厦门大学嘉庚学院和福州大学至诚学院。至于福建省的本科三批院校（即独立学院），包括福建师范大学协和学院、集美大学诚毅学院、福建农林大学金山学院、福建农林大学东方学院、福州大学阳光学院、华侨大学厦门工学院以及福建师范大学闽南科技学院。

值得注意的是，自2011年起，福建省高考招生将不再设立本科三批，将所有本科三批学校调整至本科二批招生。