南京医科大学为文科生提供了几个二本专业选项，包括公共事业管理（医药贸易与管理）、公共事业管理（卫生事业管理）和英语。而护理学专业则在二本和一本均有招生。

该校设有19个本科专业，两个六年制双学位专业以及五个七年制专业（方向）。学校的一级学科博士学位授权点共有8个，分别是基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学和人文医学；二级学科博士学位授权点共有48个。此外，南京医科大学的一级学科硕士学位授权点有11个，二级学科硕士学位授权点则有73个，博士后科研流动站共6个。学位授权点覆盖了医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类。

目前，学校拥有3个国家重点学科，1个国家重点培育学科，以及2个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点和3个江苏省一级学科重点学科。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学和口腔医学被认定为江苏省高校优势学科。