层次不同。

一级党组织是单位党委（党组）的一个单位，由本级地方党委设立，接受地方党委领导。

机关党委是单位党组织的二级机构，接受上级党组织和本单位党委（党组）双重领导。比如市直机关单位的机关党委，其上级党组织是市直机关工委，其日常工作就必须在本单位党组（党委）和市直机关工委领导下开展。