北京交通大学设有62个本科专业，涵盖多个学院，专业分布广泛。

经济管理学院提供包括经济学、金融学、会计学、财务管理在内的经济学科系列课程，以及工商管理、市场营销、旅游管理、物流管理、信息管理与信息系统、工程管理、劳动与社会保障、保密管理等管理学课程。

交通运输学院则专注于铁路和城市轨道交通领域的专业教育，设有交通运输（铁道运输）、交通运输（城市轨道交通）、交通运输（智能运输工程）、交通运输（高速铁路客运组织与服务）、交通运输（民航运输）等专业，并提供交通工程、物流工程、电子商务等相关课程。

土木建筑工程学院则涵盖了土木工程、铁道工程、环境工程等传统工科专业。

机械与电子控制工程学院则专注于机械工程、车辆工程、测控技术与仪器、能源与动力工程、工业工程等领域的教育与研究。

电气工程学院开设了电气工程及其自动化以及电气工程及其自动化（轨道牵引电气化）专业。

理学院则提供了信息与计算科学、统计学、光电信息科学与工程、材料化学等理科专业的学习机会。