南昌工程学院开设众多专业，涵盖理工和文史两大科类，适应不同学生需求。理工科类专业中，水利水电工程、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程、计算机类、水土保持与荒漠化防治、园林、地质工程、测绘工程、水文与水资源工程、农业水利工程、风景园林、能源与动力工程、机器人工程、港口航道与海岸工程、建筑学、自动化、道路桥梁与渡河工程、工程造价、给排水科学与工程、车辆工程、通信工程、城乡规划、英语、投资学、国际经济与贸易、财务管理、人力资源管理、电子商务、物流管理、应用统计学、市场营销、数据科学与大数据技术、电子信息工程等专业均为四年制。

文史科类专业包括审计学、新闻传播学类、市场营销、电子商务、物流管理、财务管理、人力资源管理、国际经济与贸易、英语、投资学、翻译、法语等，同样采用四年制教育模式。

此外，南昌工程学院还特设了应用电子技术（海军）、智能工程机械运用技术（武警）、现代通信技术（武警）、汽车检测与维修技术（武警）等专业，针对特定领域的培养需求，采取三年制教育。

艺术类专业开放不分文理，设计学类、音乐学等四年制课程，满足艺术生的独特兴趣与学习需求。

南昌工程学院的四年制专业设置丰富多样，旨在为学生提供广阔的学习和发展空间，以适应不同行业和社会的需求。