云南农业大学的王牌专业包括生物技术、农业水利工程、食品质量与安全、植物保护、动物科学、农学、茶学、动物医学、食品科学与工程、机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、给排水科学与工程等，这些专业在全国范围内享有较高声誉。

在二本专业中，云南农业大学提供电气工程及其自动化、计算机科学与技术、水文与水资源工程、环境科学、食品质量与安全、风景园林、农学、农业资源与环境、动植物检疫、中草药栽培与鉴定、网络工程等专业。这些专业不仅涵盖了农业领域，也包括了工程技术、环境科学等其他领域，为学生提供了多样化的选择。

生物技术专业注重生物工程理论与实践的结合，培养具备生物技术基本理论、基本知识和基本技能的人才。农业水利工程专业致力于解决农业生产中的水资源问题，培养具备水利工程设计与管理能力的专业人才。食品质量与安全专业强调食品安全与质量控制，培养具备食品安全检测与管理能力的专业人才。

计算机科学与技术专业注重计算机硬件与软件开发能力的培养，培养具备计算机科学理论与技术的人才。给排水科学与工程专业则致力于解决城市和农村的给排水问题，培养具备给排水工程设计与管理能力的专业人才。环境科学专业则侧重于环境监测与治理，培养具备环境科学理论与技术的人才。

农学专业注重农业科学理论与实践的结合，培养具备农业科学基本理论、基本知识和基本技能的人才。农业资源与环境专业则注重农业资源的保护与利用，培养具备农业资源与环境科学理论与技术的人才。动植物检疫专业则注重动植物疫病的防控，培养具备动植物检疫能力的专业人才。

中草药栽培与鉴定专业则注重中草药的种植与鉴定，培养具备中草药栽培与鉴定能力的专业人才。网络工程专业则注重计算机网络的规划与设计，培养具备计算机网络技术的人才。风景园林专业则注重园林植物的种植与养护，培养具备风景园林设计与管理能力的专业人才。