吉林工商学院的王牌专业包括会计学、旅游管理、国际经济与贸易、金融学、电子信息工程、物流管理、食品科学与工程、粮食工程、生物工程、财政学等。部分专业被评为一流本科专业建设点，具体包括2021年度国家级一流专业建设点的旅游管理，以及2020年度国家级一流专业建设点的会计学等。此外，吉林工商学院还拥有国家特色专业食品科学与工程，以及省级特色专业会计学、旅游管理、工商管理、生物工程，和省级品牌专业食品科学与工程专业。学院还开设了多个吉林工商学院特色专业，如机械设计制造及其自动化、金融、国际经济与贸易、市场营销专业、计算机科学与技术、税务等。在高职特色专业方面，吉林工商学院设立了财经特色专业群、粮油食品加工特色专业群、旅游特色专业群。