南京理工大学拥有13个专业学院，其中包括机械工程学院、化工学院、电子工程与光电技术学院、计算机科学与技术学院、经济管理学院、能源与动力工程学院、自动化学院、理学院、外国语学院、人文与社会科学学院、材料科学与工程学院、环境与生物工程学院以及设计艺术与传媒学院。

除了这些专业学院，学校还设有研究生院、继续教育学院和国际教育学院。此外，南京理工大学还与合作方共同创办了南京理工大学紫金学院和南京理工大学泰州科技学院两个独立学院，提供多样化的教育选择。

这些学院为学生提供了广泛的学术领域，涵盖了工程技术、科学、管理、人文、社会科学、艺术等多个方面。南京理工大学致力于培养具备创新精神和实践能力的高素质人才，学院之间的紧密合作为学生提供了丰富的学习资源和交流平台。

通过与企业的合作，学校还能够及时了解行业动态和技术发展趋势，为学生提供了实践机会和就业指导。学院内部的学术研究和技术创新活动，也为学生提供了参与科研项目的机会，培养了他们的科研能力和团队协作精神。

南京理工大学注重国际化教育，与多个国家和地区的高校建立了合作关系，为学生提供了海外交流和深造的机会。学校还积极推动产学研合作，与企业共同开展科研项目，推动科技成果的转化应用。