3所。根据查询江苏省教育厅官网显示。

1、南通大学。南通大学始建于1912年，源自近代著名实业家、教育家张謇先生创办的私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校。

2、南通理工学院。南通理工学院，简称南通理工，是一所位于江苏省南通市港闸经济开发区的全日制普通本科高校。

3、南通大学杏林学院。南通大学杏林学院是经国家教育部批准成立的本科层次独立学院。学院始建于1999年2月，前身为南通医学院杏林学院，2004年5月在原南通医学院、南通工学院和南通师范学院合并组建南通大学后，更名为南通大学杏林学院。