南京研究所包括：

1. 南京大学模式分析与计算研究所

南京大学模式分析与计算研究所是南京地区重要的科研单位之一，主要从事模式分析、计算数学等领域的研究。该所拥有先进的科研设施和一流的研究团队，为国内外学术界和产业界提供了大量的科研成果。

2. 南京航空航天大学航空宇航研究发展中心

南京航空航天大学航空宇航研究发展中心主要进行航空宇航领域的前沿科学研究和技术创新。中心拥有一支高水平的科研队伍，涵盖了飞行器设计、航空航天控制等多个重要方向。

3. 中国科学院南京地质古生物研究所

中国科学院南京地质古生物研究所是我国在地质古生物学领域的重要研究机构。该所致力于古生物化石、地层学以及古环境与气候变化等方面的研究，取得了一系列国内外公认的科研成果。

4.东南大学网络通信与安全实验室 东南大学网络通信与安全实验室作为南京市重点研究基地之一，致力于网络通信与信息安全领域的科学研究和技术创新。实验室的研究涵盖了无线通信、网络安全等多个热门方向，取得了多项具有实际应用价值的科研成果。南京的以上研究所均在各自的领域内取得了卓越的成果，对推动南京市乃至全国的科研发展起到了重要作用。