国家高技术研究发展计划专项经费管理办法明确了经费管理的各方职责与权限。财政部负责审批年度经费总预算、入选课题研究经费预算、计划管理费预算，检查监督经费管理和使用情况，审批年度汇总决算。归口部门则负责编制年度经费总预算，审核入选课题研究经费预算，编制年度计划管理费预算，制定预算评估评审工作规范，检查监督经费管理和使用情况，编制年度汇总决算。课题责任人负责编制课题研究经费预算，使用和管理课题研究经费，严格执行批准的预算并接受监督、检查，编制课题研究经费决算。课题依托单位则会同课题责任人编制课题研究经费预算，负责课题研究经费的财务管理和会计核算，审核大型仪器设备费用、国际合作与交流费用支出，监督课题责任人在其权限内的各项支出，接受监督、检查，会同课题责任人编制课题研究经费决算。

根据课题规模和管理需要，八六三计划课题实行成本补偿式和定额补助式两种资助方式。资助金额在30万元以上的课题采用成本补偿式资助，而资助金额在30万元以下的课题采用定额补助式资助。成本补偿式课题研究经费预算的申报审批程序包括单位和科学家申报课题，课题责任人与课题依托单位共同编制《成本补偿式资助课题预算表》，编制详细经费预算，归口部门组织专家或专业科技评估机构评审预算，归口部门提出初步预算，预算公开接受监督、处理异议，财政部审批预算并实行两级管理。定额补助式课题研究经费预算的申报审批程序类似，归口部门依据评议专家组建议和财政政策提出资助额度，并公开接受监督、处理异议，财政部审批预算。

八六三计划经费包括课题研究经费和计划管理费。课题研究经费是课题确立后，研究过程中发生的直接费用、间接费用和协作研究支出。计划管理费是归口部门管理计划及其经费的费用，包括规划与指南的制定、课题遴选、评估、评审、招标、监理、监督检查、验收、计划协调、国际合作与交流、调研、会议、资料、信息管理等支出。经费预算应同时编制经费来源预算与经费支出预算，包括各类渠道的经费、直接费用、间接费用和协作研究支出。依托单位提供配套资金以支持课题，具体比例由归口部门在审核预算时决定。未按计划执行的课题将终止拨款，确需调整计划的，在调整得到正式批准后才能恢复拨款。未完成课题的结余经费可用于仪器设备维护、人才培养及其他研究发展活动。