南方科技大学的热门专业包括数学与应用数学、物理学、光电信息科学与工程、理论与应用力学、生物医学工程、化学、生物科学、材料科学与工程、计算机科学与技术等9个国家级一流本科专业，环境科学与工程、通信工程、微电子科学与工程、机械工程等4个专业为省级一流本科专业。其中，2023年中国大学专业分档排名中，南方科技大学7个专业评为A+，6个专业评为A，10个专业评为B++，6个专业评为B+，位居全国同类高校前列。