上海交通大学电子信息与电气工程学院设有五个学系，分别为电子科学与技术学系、通信与信息系统学系、控制科学与工程学系、微电子学系及电气工程学系。电子科学与技术学系专注于电子物理、电子元器件、电磁场与微波技术、光电子技术及集成电路设计等方向，是交叉学科的典范，兼具基础与应用研究。

通信与信息系统学系拥有悠久的教学与科研历史，是学院的老牌学系之一，具备丰富的学科积累。控制科学与工程学系则是一个多学科交叉的领域，涵盖信息科学、机械工程、电气工程和应用数学等多个学科方向。

微电子学系是一个新兴学科，由电子学、材料科学与物理学、化学等多个学科交叉融合而成，是学院的新兴研究方向。

电气工程学系则是学院历史最为悠久、规模最为宏大的学系之一，其专业包括电气工程及其自动化和电力系统及其自动化等，对电力工程领域具有重要意义。