华东师范大学体育与健康学院源于其前身华东师范大学体育系，起始于1951年，由东亚体育专科学校体育系和体育专修科整合而成。在1952年院系调整中，华师大体育系与南京大学、金陵女子大学的体育系合并，成立了中国历史上的第一所体育学院——华东体育学院（1956年更名为上海体育学院），原体育系在此后转变为体育教学小组，专注于公共体育教育。1954年，黄震先生提出在高校引入体育专项课程，这一创新在华师大试水并引起全国关注。

1972年，华师大与其他学校合并，成立了上海师范大学，体育系在此期间有所变动。1978年，体育系改为了体育教研室，随着1979年首届专科生招生和1980年本科招生的开启，华师大体育教育迎来新的发展阶段。1984年，学院设立了我国体育学科首批硕士点——体育理论（后更名为体育人文社会学），并在1986年和1993年分别设立了运动生物化学（后改为运动人体科学）硕士点与博士点。

1998年，随着上海市教育改革，上海教育学院等并入华东师范大学，原体育系与大学体育教学部合并，催生了新的体育学系。2001年，体育与健康学院正式成立，标志着华师大体育教育在新的世纪中迈向了新的高度。