南京信息工程大学仅设有一所独立学院，即滨江学院。

学校内设有大气科学学院、应用气象学院、大气物理学院、地理科学学院、遥感与测绘工程学院、水文与水资源工程学院、海洋科学学院、环境科学与工程学院、自动化学院、电子与信息工程学院、计算机与软件学院、数学与统计学院、物理与光电工程学院、法政学院、马克思主义学院、管理工程学院、商学院、文学院、传媒与艺术学院、教师教育学院、化学与材料学院、人工智能学院等22个专业学院。同时，还设有龙山书院（大类培养）、雷丁学院（中英合作）、长望学院（拔尖培养）、应用技术学院、继续教育学院、藕舫学院（创新创业）、滨江学院（独立学院）等高水平办学机构。

南京信息工程大学开办了71个本科专业，这些专业覆盖了理、工、管、文、经、法、农、艺、教育九大学科门类，为学生提供了广泛的选择和深入学习的机会。