北京医学类高等教育机构共有三所，其中，北京协和医学院在学术与教育领域占据领先地位，首都医科大学紧随其后，北京中医药大学则以其独特的中医学科独树一帜。

北京协和医学院，创建于1917年，由美国洛克菲勒基金会出资建立，于1919年10月开设八年制医学本科教育，是我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的医学院校，被誉为“中国医学殿堂”。学院现任党委书记为李明教授，校长吕兆丰教授。

北京中医药大学，作为教育部直属的一所以中医药学科为特色的全国重点大学，是“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设院校之一，亦是“111计划”入选高校。学院由教育部、国家卫生和计划生育委员会、国家中医药管理局、北京市共同建设，旨在推动中医药学科的发展与创新。