厦门大学拥有四个主要校区，分别是思明校区、翔安校区、漳州校区以及马来西亚分校。思明校区作为厦门大学的主校区，被广泛誉为“最美校园”。这里集中了主要的行政部门和人文社科相关的学院，包括经济学院、管理学院、人文学院、法学院、新闻传播学院、艺术学院、数学学院、化学学院等。

翔安校区主要承担工科学院的教学任务，近年来，学校持续将工科类学院从思明校区迁入翔安校区，其中包括了电子信息学院、海洋学院、航空航天学院、能源学院、医学院、药学院、公共卫生学院、生命科学学院、环境生态学院等。此外，多个国家级科研平台和实验室也在这里设立。

漳州校区则主要面向国际交流与技术人才的培养，包括创意与创新学院、国际学院、产业技术研究院、古雷石化研究院以及嘉庚学院等。

马来西亚分校是厦门大学在马来西亚雪兰莪州沙叻丁宜设立的分校，独立招生，主要面向当地学生及国内高考生。分校开设了人文学院、医学院、经济学院、计算机学院、工学院等五个学院。