南京信息工程大学特色专业众多，其中包括大气科学专业、计算机科学与技术专业、环境科学专业、电子信息工程专业、软件工程专业等。

大气科学专业在南京信息工程大学特色专业中占据重要地位。它不仅入选了国家级一流本科专业建设点，更荣获了国家级特色专业、教育部“专业综合改革试点”专业、江苏省品牌专业、江苏省“十二五”高等学校重点专业等荣誉。此专业所在的南京信息工程大学大气科学学院，其历史可追溯至1960年南京气象学院创建之初的气象学系，是国务院1978年首批硕士学位招生点挂靠院系。1998年，大气科学一级学科获得博士学位授予权，1999年设立大气科学一级学科博士后科研流动站，奠定了其在国内大气科学领域的领先地位。

计算机科学与技术专业则是南京信息工程大学的另一大特色。依托学校雄厚的科研实力和先进的教学设施，该专业培养出一批批具有创新精神和实践能力的计算机科技人才。环境科学专业聚焦于环境问题的研究与解决，旨在培养具有环境科学素养、具备环境问题分析与解决能力的专业人才。电子信息工程专业则注重于电子技术与信息处理技术的融合，培养电子信息技术领域的专业人才。软件工程专业则致力于软件开发的理论与实践，培养软件开发与管理的专业人才。

南京信息工程大学的软件工程专业同样具有显著特色，它注重理论与实践的结合，培养具备软件设计、开发、测试、维护等能力的专业人才。这些特色专业不仅为学生提供了丰富的学习资源和实践机会，也为社会输送了大量的高素质人才，为推动社会科技进步做出了重要贡献。