三峡大学由21个不同的院系组成，它们分别是：

水利与环境学院专注于水资源管理和环境保护；

土木与建筑学院致力于土木工程和建筑设计；

机械与动力学院则专注于机械工程和动力系统研究；

材料与化工学院研究材料科学与化学工程；

电气与新能源学院致力于电气工程和新能源技术开发；

计算机与信息学院培养计算机科学和信息技术人才；

经济与管理学院专注于经济学和管理学教育；

医学院提供医学及相关领域的教育与研究；

文学与传媒学院培养文学和新闻传播人才；

田家炳教育学院致力于教育学研究和教师培训；

马克思主义学院研究马克思主义理论；

法学与公共管理学院提供法律和公共管理教育；

理学院进行基础科学研究；

生物与制药学院专注于生物学和制药领域；

艺术学院培养艺术人才；

体育学院提供体育教育和训练；

外国语学院致力于外语教育；

国际文化交流学院促进国际文化交流；

民族学院研究少数民族文化；

大学生素质教育中心（创新创业教育学院）注重学生综合素质提升与创新创业教育；

科技学院则侧重于科技领域的研究与创新。