徐州生物工程职业技术学院开设了多个专业，涵盖了生物工程、动物工程、农林工程、信息工程和机电工程等五大系（部）。在生物工程系，学生可以学习药学、药物制剂技术、药物分析技术、生物技术及应用、生物制药技术和食品药品监督管理等相关课程。这些专业旨在培养具备药物研发和管理知识的人才。

动物工程系则提供了宠物医学、畜牧兽医和宠物养护与疫病防治的专业课程，为学生提供了全面的动物科学知识，培养他们成为动物医学领域的专业人才。

农林工程系的专业包括环境艺术设计、植物保护、园艺技术、园林技术等，旨在培养具备绿色生态和环境管理知识的毕业生。

信息工程系提供物联网应用技术、财务管理、会计与审计、计算机应用技术（图形图像制作方向）、会计电算化、软件技术和计算机应用技术等专业课程，培养具备信息技术和财务管理技能的复合型人才。

机电工程系则开设了机械制造与自动化、机电一体化技术（数控方向）、汽车运用技术、汽车技术服务与营销和机电一体化技术等专业，为学生提供了广泛的机械制造和汽车技术知识。