海军指挥学院并非双一流大学。在江苏省的17所双一流大学名单中，未包含海军指挥学院。江苏省的双一流大学包括南京大学、东南大学、南京理工大学、南京航空航天大学、苏州大学、南京农业大学、中国矿业大学、南京医科大学、江南大学、河海大学、南京师范大学、南京邮电大学、南京信息工程大学、中国药科大学、南京林业大学、南京中医药大学和中国人民大学（苏州校区）。海军指挥学院是中国人民解放军的海军最高学府，位于南京市，主要承担海军中高级指挥干部、海军军以上机关参谋及军事学硕士、博士研究生的培养任务。