中科大更好。

详细解释如下：

中国科学技术大学和南京大学都是中国顶尖的高等教育机构，两所学校都有着卓越的教学和科研实力。然而，在综合实力和学科优势上，中科大通常被认为更具优势。

1. 学术实力与声誉：中科大在理工科领域具有极高的声誉，多个学科位列世界前列。该校的科研实力和学术成果显著，拥有多个国家级实验室和科研团队。南大同样优秀，但可能在某些特定学科上与中科大有所差异。

2. 教育资源与设施：中科大作为一所重点建设的大学，拥有先进的教学设施和实验室，为学生提供了良好的学习和科研环境。南大同样拥有优秀的教学资源，但可能在地域、资源投入上略有不同。

3. 毕业生就业情况：中科大培养的毕业生在就业市场上非常受欢迎，尤其在科技、金融等领域。南大的毕业生同样具有很高的竞争力，但可能在不同行业和地区的就业情况上有所差异。

综上所述，中科大在整体实力和学科优势上可能略胜一筹。但每所学校都有其独特之处和优势，最终选择哪所学校还应结合个人兴趣、专业倾向和未来职业规划等多方面因素综合考虑。