吉林工商学院的北校区坐落在吉林市船营区的船北路1696号，占地约1350亩，是学校的主校区。北校区的建筑面积接近60万平方米，拥有完备的教学科研设施，图书馆藏书量达到64万册，还配备了一个能容纳1.5万人同时参与体育活动的多功能体育馆。

与北校区相邻的是南校区，位于吉林市船营区的南两城街2988号，占地面积约为640亩。南校区主要承担学生的住宿和部分教学服务，近年来发展迅速，其设施也相当齐全。

另一个校区是船营校区，它位于吉林市船营区的雷波山风景区内，距离北校区大约15公里。这个校区专注于生态农业、农村发展和农业科技创新等专业的教学、实习和科研工作。这里还拥有世界级的农业观光庄园和农业实验基地，为学生们提供了丰富的实践机会。

为了更好地服务于不同专业和需求的学生，吉林工商学院通过合理规划和建设，使得各个校区各自发挥着独特的作用。北校区以其丰富的教育资源和完备的设施成为学术研究的核心；南校区则通过提供住宿和部分教学支持，让学生们能够安心学习；而船营校区则通过独特的教学资源和实践机会，为学生们提供了广阔的实践平台。