首都医学院更加出色。

从个人了解来看，首都医学院与北京医学院都是优质的医学院，两所学校各有千秋。不过，在历史文化积淀方面，首都医学院显然更胜一筹。首都医学院的历史可以追溯到更早的时代，拥有深厚的学术底蕴和丰富的教学经验。

另外，首都医学院在科研成果方面也有显著优势。学校拥有一支高水平的科研团队，承担了多项国家级科研项目，研究成果广泛应用于医学领域。此外，学校与多家大型医院建立了紧密的合作关系，为学生提供了丰富的实践机会。

相比之下，北京医学院虽然在某些专业领域也有卓越的表现，但在历史文化传承上略逊一筹。虽然它也有自己的独特优势，但在一些传统学科的研究和教学上，首都医学院更具有深厚的历史积淀。

因此，如果对历史文化底蕴有较高要求的学生，首都医学院无疑是一个更好的选择。当然，对于那些注重实践操作和前沿科研的学生来说，北京医学院也是一个不错的选择。

综上所述，首都医学院在综合评价上略胜一筹，但在选择学校时，还需要结合个人的兴趣和职业规划来做出最适合自己的决定。