阜阳市拥有多所高中，分布于各个县区。阜南县的高中有阜南一中、实验中学和阜南二中，其中实验中学是一所较为知名的学校。此外，王店镇还有一所私立高中——亲情学校。

临泉县的高中有临泉一中和临泉二中，其中临泉一中和实验中学均为省示范高中。此外，靖波中学也是当地一所备受好评的高中。

界首市的高中有界首一中和界首中学，其中界首中学原为省示范高中，但因补课问题被撤销了示范高中资格。界首三中也是一所不错的高中。

太和县的高中有太和一中、太和中学、太和八中和太和二职高，其中太和一中与太和中学均为省示范高中，近年来抢到了不少优秀学生，教学质量不断提高。太和八中是新建的学校，政府支持力度较大。

颍上县的高中有颍上一中和颍上三中，其中颍上一中是当地最好的高中。

阜阳市市区的高中有阜阳一中和阜阳三中，其中阜阳一中和阜阳三中都是省示范高中。红旗中学（颍州区）、城郊中学（颍东区）和阜阳二中（颍泉区）均为市级示范高中，阜阳十中和阜阳四中也是一流的学校。

此外，阜阳十一中学近几年来初中和高中的教学质量显著提高，已经赶上了阜阳四中和阜阳十中的水平，尽管学校舍条件较差，桌椅破旧，但在火车站东面的地理位置较为偏僻。

在阜阳市，还有一些私立高中，如汇文中学、京九实验中学、耀云中学、阜阳师范学院附中和颍州学村等。