从地理位置上看，安徽医科大学位于省会合肥，而皖南医学院则位于芜湖，合肥作为省会城市在交通、信息交流等方面更为便利。

在师资力量方面，安徽医科大学拥有博士点，而皖南医学院目前还在建设中，这表明安徽医科大学在师资力量上更有优势。

综合排名方面，安徽医科大学位列全国第144名，而皖南医学院则排名307名，这从一定程度上反映了两校在整体学术水平上的差异。

当然，选择哪所大学还需根据个人兴趣和职业规划来决定。比如，对于那些希望在学术研究方面有所突破的学生，安徽医科大学可能会是更好的选择；而对于那些希望在地方医疗行业中发挥重要作用的学生，皖南医学院则可能是更适合的。

此外，两校的就业情况也是需要考虑的因素之一。从毕业生就业率来看，安徽医科大学近年来表现稳定，而皖南医学院也有不错的就业率。

综上所述，根据上述几个方面对比，安徽医科大学在地理位置、师资力量和综合排名等方面均优于皖南医学院，因此在各方面都表现得更为出色。