吉首市拥有多所高等院校，其中最为知名的是吉首大学，它是一所二本院校。吉首大学师范学院也是一个独立的学院，虽然它与吉首大学有着一定的关系，但两者在管理和专业设置上都有所区别。吉首大学师范学院设有三个专业的本科教育。

吉首大学本身设有几个校区，包括砂子坳校区、大田湾校区和医学院校区（即石家冲校区），这些校区均位于吉首市本部。此外，吉首大学还设有张家界校区和热水抗校区（后者为新校区，原张家界学院的独立校区）。

吉首大学砂子坳校区主要承担本科教学任务，校园环境优美，教学设施齐全。大田湾校区则注重科研和研究生教育，这里汇聚了一批优秀的学者和研究人员。医学院校区（石家冲校区）专注于医学教育和医疗研究，为医学专业学生提供了良好的实践平台。

张家界校区作为吉首大学的延伸，为周边地区的学生提供了便利的学习条件。热水抗校区虽然相对较新，但其教学质量和学术氛围逐渐得到了提升。

除了吉首大学和吉首大学师范学院，吉首市还拥有其他一些高等教育机构，这些学校为当地乃至整个湘西地区的社会发展做出了重要贡献。