北京大学和北京大学医学部之间的区别是多方面的。首先，北京大学医学部是北京大学的一个重要组成部分，但作为北京大学六大学部之一，医学部拥有实体的行政体系。相比之下，其他学部则较为虚设。通常人们所说的“北大”，特指北京大学的校本部，即燕园校区。

其次，虽然北大和北医同根同源，但它们经历了半个世纪的独立运营，各自都拥有很高的知名度。整个北医系统，包括其医院的实力、声望和校友资源，都达到了极高的影响力。因此，在与北大合并时，北医系统在谈判中拥有较强的底气，最终以医学部的形式与本部合并，保留了医学部行政体系的独立性，从而使得合并前后能够平滑过渡。

然而，医学部在合并后也面临着一些问题。医学部的行政后勤体系虽然得到了完整的继承，但这也带来了不少批评。例如，医学部的网络常常出现卡顿现象，食堂则长期被列入北京市卫生黑名单，这些情况都给学生的学习和生活带来了不便。

此外，医学部的非医学课程教师的教学水平与北大本部的教师相比，存在一定的差距。这种差距在一定程度上影响了学生的学习体验和教育质量。

最后，关于招生方面，除了2000年合并首年外，其他年份医学部和本部采用的是两套招生代码，这很容易让人产生北大和北医是两个独立院校的错觉。这种招生制度进一步加深了两者的独立性。

总的来说，尽管北京大学和北京大学医学部之间存在着紧密的联系，但在行政、教育质量和招生等方面，两者仍存在明显的区别。