齐齐哈尔工程学院设置五个系，包括机电工程系、交通工程系、建筑工程系、信息工程系和管理工程系。学院由齐齐哈尔市人民政府领导，是具有高等学历教育招生资格的民办普通高校，提供本科教育。

机电工程系提供机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、材料成型及控制工程三个本科专业，以及数控技术、机械制造与自动化、电气自动化技术、机电一体化技术四个专科专业。数控技术专业为国家级教学改革试点，是学院特色专业。

交通工程系于2008年9月成立，包括汽车服务工程、交通运输、车辆工程、汽车运用与维修技术、汽车营销与服务和汽车电子技术六个专业。其中汽车服务工程、汽车运用与维修技术和汽车电子技术为院级精品专业。

建筑工程系成立于2008年9月，开设土木工程、工程管理、风景园林三个本科专业，以及建筑工程技术、工程造价、道路桥梁工程技术、工程测量技术四个专科专业。学院建有建材、材料力学、土工、流体力学、结构力学、土壤、消防等九个实验室。

管理工程系成立于2003年，设有电子商务、英语、财务管理、护理学、市场营销、食品质量与安全六个本科专业，会计、物流管理两个专科专业。

信息工程系提供计算机科学与技术、视觉传达设计、环境设计和电子科学与技术四个本科专业，以及软件技术、计算机应用技术、环境艺术设计、动漫制作技术、应用电子技术和旅游管理六个专科专业。