滁州学院的表现更胜一筹，根据全国排名来看，滁州学院位列423，而皖西学院则排在438，显示出滁州学院在全国范围内的优势地位。

从特色专业角度来看，虽然滁州学院和皖西学院在专业设置上各有特点，但两者之间并无明显差距。滁州学院拥有地理信息科学、地理信息系统、自动化、农产品质量与安全、网络工程、物联网工程及新闻学等国家级与省级特色专业。而皖西学院则拥有生物工程、电气工程及其自动化、土木工程、通信工程、化学工程与工艺、财务管理及制药工程等专业，这些专业同样在行业里享有较高声誉。

2004年，滁州学院在教育部的批准下升格为本科学院，并正式定名为滁州学院。而在2019年，滁州学院更是成功跻身安徽省省级硕士立项建设单位，这表明该校在学术研究和研究生培养方面取得了显著进步，为学生提供了更广阔的发展空间。

综上所述，无论是从全国排名、特色专业还是学术研究的角度来看，滁州学院都展现出更为出色的表现，因此在选择这两所大学时，建议优先考虑滁州学院。