有。

1、南航溧阳校区和本部校校区不同，南航本部在御道街，位于南京市市区，天目湖校区是南航新发展的一个校区。

2、专业不同，航空航天大学行政管理部门、机电学院、航空学院等均在总部，土木工程专业，交通运输专业、自动化专业、材料等的新生大学一、二年级学生在天目湖校区就读。校区和本部是有区别的。