中国人民解放军军事医学科学院的病原微生物生物安全国家重点实验室配备了一系列先进的科研设施，总价值接近7000万元人民币。这些设施包括100多台件设备，为多学科、多层次的开放合作研究提供了优质的科研环境。实验室的核心设备包括透射电子显微镜、基质辅助激光解吸附飞行时间质谱仪、液质串联质谱仪、Biacore 3000、全自动病毒核酸工作站、基因芯片仪、病毒载量检测仪和蛋白纯化系统等，这些高端仪器能满足重大传染病防控研究和病原微生物实验操作的高端需求，有力支持重大科研项目的实施与进展。

实验室占地面积达12000平方米，设施齐全，拥有4个BSL-3实验室，确保了高风险实验的严格安全；另外，还有12个BSL-2实验室，适合一般病原体研究；细胞层流洁净实验室和生物工程药物中试实验室则专注于更为精细的实验环境。实验室还建有菌种库、毒种库、立克次体库、细胞库以及医学昆虫标本馆，这些资源为病原微生物与生物安全的深入研究提供了丰富的样本和研究材料。