江南大学国旗仪仗队机构设置如下：

1. 领导职务：设有班长1名，担任全面职务，负责日常工作的指挥、重大事件决策以及对外代表。副班长共三名，包括训练副班长、文宣副班长和联系副班长。

- 训练副班长专注于队员的训练，负责制定详细的训练计划，确保队伍的专业技能不断提升。

- 文宣副班长负责文档管理和活动资料整理，是团队内部的信息中心，同时负责对外宣传，提升国旗班的公众形象。

- 联系副班长负责内部沟通和外部联络，组织班内活动以增强团队凝聚力，同时与各学校国旗班保持良好关系。

2. 后勤部长是保障团队日常运作的重要角色，负责物资管理、活动后勤支持，组织团内活动丰富队员课余生活，以及开展国旗法宣传教育和政治学习，提升队员的思想道德素质。

3. 所有岗位人员需定期汇报工作计划和总结，例会需记录会议内容，以保持工作的透明度和持续改进。替岗制度严谨，必须经队长签字，并由队长或副队长填写《执勤登记表》，此表由队长轮流保管。