蛋白质的消化过程涉及酶的专一性作用，例如，淀粉酶专门分解淀粉。酶与底物之间的关系如同钥匙与锁，每种酶对应一种特定的底物。蛋白酶如胃蛋白酶、胰蛋白酶和糜蛋白酶，分别作用于蛋白质的不同部位，将其水解成较小的肽段，最终在羧基肽酶、氨基肽酶和二肽酶的作用下，分解为氨基酸。例如，血浆清蛋白由584个氨基酸组成，其肽键的水解需要583分子水参与583次反应。蛋白酶原在特定条件下激活为活性酶，而正常情况下，它们不会水解自身组织蛋白质。

糖类的消化主要是指淀粉的分解，它主要由直链淀粉和支链淀粉组成，最终产物是葡萄糖。糖元是动物淀粉，与植物淀粉相似，由葡萄糖单元组成，存在于螺和蚌等生物中。双糖如蔗糖、麦芽糖和乳糖，也在肠道中被特异性酶水解。纤维素由于缺乏能水解其β—葡萄糖苷键的酶，在人类消化系统中不被消化。

脂肪由甘油和脂肪酸组成，胰脂肪酶负责将其水解为甘油和脂肪酸。脂类还包括磷脂、糖脂和类固醇等，它们各自有相应的消化酶。此外，脂类和蛋白质、糖类可以结合形成复杂的复合物，如脂蛋白、蛋白多糖和糖蛋白等。