南昌航空大学和福州大学各有千秋，但从多个维度考量，福州大学显然更具优势。首先，福州大学作为211工程高校，其整体实力远超南昌航空大学，后者则是江西省的一所以一本招生为主的本科院校。

其次，从学科设置来看，福州大学不仅以工科为主，还涵盖了理、工、经、管、文、法、艺等多学科领域，学科布局更为全面和丰富。相比之下，南昌航空大学虽然在航空领域具有较强的专业优势，但整体学科覆盖面相对有限。

再次，福州大学的知名度更高，其师资力量更为雄厚，教学质量和科研成果均处于领先地位。而南昌航空大学虽在特定领域有所建树，但在整体学术声誉和科研水平上仍有一定差距。

此外，保研方面，福州大学提供的保研名额更多，保研层次也更高，为学生提供了更多的深造机会。尽管南昌航空大学同样具备良好的发展前景，但在综合实力上仍有待提升。

综上所述，虽然南昌航空大学在特定领域表现出色，但在综合评价上，福州大学无疑更胜一筹。不过，选择哪所大学还应根据个人兴趣和职业规划来定，两者都是值得考虑的优质选择。