两所学校各有各的特点，要根据自己的志向选择，下面介绍一下二者的主要区别：

一、学校类别不同

1、内蒙古工业大学

学校类别：理工。

2、内蒙古农业大学

学校类别：农业。

二、学校特色不同

1、内蒙古工业大学

全日制普通本科院校、国家中西部高校基础能力建设工程（2016年）、教育部卓越工程师教育培养计划（2011年）。

2、内蒙古农业大学

省部共建大学（2012年）、中西部高等教育振兴计划（2013年）、中西部高校基础能力建设工程（2013年）、卓越农林人才教育培养计划（2014年）。

三、院系设置不同

1、内蒙古工业大学

机械工程学院、化工学院、经济管理学院等21个教学单位。

2、内蒙古农业大学

动物科学学院、农学院、林学院等23个教学院部。

四、学校规模不同

1、内蒙古工业大学

截至2020年，学校有3个校区，分别为新城校区、金川校区和准格尔校区，占地面积3228亩，有21个教学单位，开设本科专业75个，有教职工2051人，在校生约28000人。

2、内蒙古农业大学

截至2020年，学校总占地面积1.4万亩（包括科技园区），校园占地总面积3360亩（校本部2630亩），校本部教学行政用房面积40.92万平方米，设有教学院部23个，开办本科专业82个，有普通高等教育全日制在校生35080人（校本部28561人），专任教师1683人（校本部1351人）。

五、学校历史不同

1、内蒙古工业大学

学校前身是始建于1951年的绥远省高级工业学校，1958年在清华大学等支援下成立内蒙古工学院，曾隶属机械工业部、农业机械部，1983年划归内蒙古自治区，1993年更名为内蒙古工业大学。

2、内蒙古农业大学

1952年，原河北农学院、平原农学院的畜牧兽医系和山西农学院的兽医专业整建制迁至归绥（现呼和浩特），组建内蒙古畜牧兽医学院，1958年，内蒙古林学院成立；1960年，内蒙古畜牧兽医学院更名为内蒙古农牧学院，1999年，内蒙古农牧学院和内蒙古林学院合并组建内蒙古农业大学。

参考资料来源：百度百科-内蒙古工业大学

参考资料来源：百度百科-内蒙古农业大学