哈尔滨工业大学的自动化专业隶属于航天学院，具体是四系，即控制科学与工程系。本科阶段，自动化专业与电气、机械等工科专业课程设置相似，重点培养电子电路、机械制图、计算机编程等基础知识。研究生阶段，哈工大自动化专业在哈尔滨本部、深圳研究生院和威海分校均有开设，不同校区在教学和科研方面各有特色。其中，哈尔滨本部和深圳研究生院的教学和科研水平较高，而威海分校则相对较弱。

自动化专业的研究领域主要集中在控制理论、航天飞行器的导航与制导，以及汽车电子、医疗器械、电子技术等方向。通过四系老师的科研课题可以发现，该专业在多个领域具备较强的科研实力。控制科学与工程系成立于1955年，前身是苏联专家石拉姆科帮助建立的自动控制专业。该系在控制科学与工程国家一级学科中，主要承担本科生、研究生的教学与培养任务，下设“自动化”、“探测制导与控制技术”两个专业。其中，“自动化”专业在国内同类专业中排名前五，高考录取分数在校内各专业中长期名列前茅。

该系每年培养本科生680余人、硕士研究生380余人、博士研究生210余人。开设了40余门本科生课程、45门硕士研究生课程及10多门博士研究生课程。面向全校10多个专业开设了许多技术基础课，其中自动控制原理、自动控制元件及线路、模糊控制三门课程为省级精品课程，另有5门重点专业课为校优秀课程。

该系建有一个飞行器控制国家级实验教学示范中心，为全校17门课程开设了52个实验项目和4门创新实验课。此外，哈工大-航天科工汽车电子技术联合实验室、哈工大-QNX-TI车载信息系统实验室、微芯公司单片机联合实验室等也为学生提供了良好的实践教学和科研环境。